Nos últimos anos da súa vida, San Francisco de Asís buscou con maior intensidade a oración e a unión con Cristo. No ano 1224 retirouse ao monte Alverna, un lugar solitario e apartado, para dedicar á penitencia e a recollelación. Durante ese tempo meditaba especialmente sobre a pasión e o sufrimento de Jesús, desexando amarlle e seguirlle cada vez máis de cerca. Francisco recibiu unha visión extraordinaria dun serafín crucificado que se apareceu ante el envolto nunha gran luz.

Logo desta experiencia mística, apareceron no seu corpo os sinais da pasión de Cristo: eridas nas mans, nos pés e no costado, semellantes ás chagas de Jesús na cruz. Este acontecemento, coñecido como a estigmatización, foi considerado polos seus irmáns como un signo da profunda identificación de Francisco con Cristo. El non buscou fama nin recoñecemento por este feito; ao contrario, intentou ocultar as irisas e continuou vivindo con humildade e sinxeleza.