Por mor das enfermidades e o desgaste físico, Francisco pasou os seus últimos anos con grandes sufrimentos. Porén, mantivo sempre unha actitude de serenidade, esperanza e confianza en Dios.

Muriu o 3 de outubro de 1226 na Porciúncula, preto de Asís, rodeado dos seus irmáns. Os franciscanos chaman a este momento "tránsito", porque consideran que foi o paso definitivo cara á vida eterna.