Despois de ser liberado, Francisco regresou a Asís moi debilitado. Pouco tempo despois sufriu unha grave enfermidade que o obrigou a permanecer durante meses en repouso.

Aquela etapa cambiou a súa forma de ver o mundo. Mentres recuperaba a saúde, comezou a comprender que a felicidade non dependía das riquezas nin do recoñecemento social. O seu corazón empezou a orientarse cada vez máis cara a Dios e cara ao servizo aos demais.